新制度主义中的历史制度主义重视历史发展的脉络,同时强调制度的连续性。不同于利用日本独特概念及语言分析日本特殊性的文化论、近代化论,历史制度主义试图结合各国特殊性与普遍性来分析和论述日本历史发展过程。按照新制度主义,尽管日本明治时期伊藤博文提出的“机务六条”带有浓厚的立宪君主制色彩,但为使普通民众具有国家与国民的意识,明治政府费尽心思将天皇塑造为近代国家象征,甚至将其作为“现人神”;在明治时期,最重要的非制度决策主体是“元老”,由此形成了十分重要的非制度性决策过程的“元老会议”;进入昭和时代以后,首相权限较弱、内阁难以控制军部等致命制度性缺陷逐步暴露,遂成为日本后来失败的重要原因。